<font face="Verdana, Arial, Helvetica" size="2">Eskil Varenius updated #13508<br />
-----------------------------<br />
<br />
CLCOR EOPS produces NANs in CL table using 31DEC18 and 31DEC19 on OS X 10.14<br />
----------------------------------------------------------------------------<br />
<br />
<div style="margin-left: 40px;">Ticket ID: 13508</div>
<div style="margin-left: 40px;">URL: <a href="https://help.nrao.edu/staff/index.php?/Tickets/Ticket/View/13508">https://help.nrao.edu/staff/index.php?/Tickets/Ticket/View/13508</a></div>
<div style="margin-left: 40px;">Name: Eskil Varenius</div>
<div style="margin-left: 40px;">Email address: <a href="mailto:varenius@chalmers.se">varenius@chalmers.se</a></div>
<div style="margin-left: 40px;">Creator: User</div>
<div style="margin-left: 40px;">Department: AIPS Data Reduction</div>
<div style="margin-left: 40px;">Staff (Owner): -- Unassigned --</div>
<div style="margin-left: 40px;">Type: Issue</div>
<div style="margin-left: 40px;">Status: Open</div>
<div style="margin-left: 40px;">Priority: Default</div>
<div style="margin-left: 40px;">SLA: NRAO E2E</div>
<div style="margin-left: 40px;">Template group: Default</div>
<div style="margin-left: 40px;">Created: 07 February 2019 03:45 PM</div>
<div style="margin-left: 40px;">Updated: 07 February 2019 10:37 PM</div>
<div style="margin-left: 40px;">Resolution due: 03 November 2021 12:00 AM (999d 1h 23m)</div>
<br />
<br />

Dear Eric,<br />Thank you for the quick reply. Here's a list of issues encountered when trying to compile:<br /><br />Running perl install.pl I get lots of files, ends with
<pre>x ./REGISTER<br />AipsWiz: OOPS. Zero files? Not very useful, I'd say.<br />AipsWiz: The unpacking apparently did not work. Perhaps you have<br />AipsWiz: an older version of GNU tar, or your system's native tar<br />AipsWiz: did not like the options I used:<br /> tar zxvfU /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19.tar.gz<br />AipsWiz: Please try to unpack it yourself and then restart me.<br />AipsWiz: If 1000s of file names came out, tar worked but fooled me.<br />AipsWiz: Restart me and I should be able to go on.<br />AipsWiz: Install Wizard stopping. Current settings saved in ~/.AIPSRC<br />AipsWiz: Abandoning ship! Goodbye.</pre><br />This is strange, because the md5 sum matches for the downloaded tar file. <br />Also, manual untar results in the same files. But re-running install seems<br />to work, so probably not a real error.<br /><br />Then: If using default, the installer detects MACINT and suggests to use various<br />default options which I do not have, such as ifort. Therefore, I assumed I should select<br />LNX64<br />when presented for choice of architecture, because that would give the most likely<br />successful compiler flags. Still, it doesn't suggest correct paths for gfortran etc. by default, so I manually change these to
<pre>FORTRAN Compiler: /usr/local/bin/gfortran (default /usr/local/compilers/gcc-6/bin/gfortran)<br /> and options: -c -fno-automatic -Wunused -Wuninitialized -Wmaybe-uninitial\<br /> ized -finit-local-zero -m64 -fimplicit-none<br /> default options: -c -fno-automatic -Wunused -Wuninitialized -Wmaybe-uninitial\<br /> ized -finit-local-zero -m64 -fimplicit-none<br /> Linker: /usr/local/bin/gfortran (default /usr/local/compilers/gcc-6/bin/gfortran)<br /> C Compiler: /usr/bin/gcc (default /usr/local/compilers/gcc-6/bin/gcc)<br /> and options: -c -O3 -fomit-frame-pointer -funroll-loops -I/Users/eskil/Ap\<br /> plications/aips/31DEC19/INC -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHAVE_LI\<br /> NUX_GLIBC<br /> default options: -c -O3 -fomit-frame-pointer -funroll-loops -I/Users/eskil/Ap\<br /> plications/aips/31DEC19/INC -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHAVE_LI\<br /> NUX_GLIBC<br />Readline Library: /usr/local/Cellar/readline/8.0.0/lib//libreadline.a<br /> Debug Libs too: NO</pre>
It now starts compiling but stops at
<pre>/usr/bin/gcc -L/usr/X11R6/lib64 -c -O3 -fomit-frame-pointer -funroll-loops -I/Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/INC -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHAVE_LINUX_GLIBC -D_BSD -DUSE_SHM xas.o image.o comm.o cursor.o screen.o init.o colors.o catalog.o -lXext -lX11 -lm -o xas<br />clang: warning: xas.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: image.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: comm.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: cursor.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: screen.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: init.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: colors.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: catalog.o: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: -lXext: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: -lX11: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: -lm: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-L/usr/X11R6/lib64' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-O3' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-fomit-frame-pointer' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-funroll-loops' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-I /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/INC' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-D _FILE_OFFSET_BITS=64' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-D HAVE_LINUX_GLIBC' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-D _BSD' [-Wunused-command-line-argument]<br />clang: warning: argument unused during compilation: '-D USE_SHM' [-Wunused-command-line-argument]<br />touch /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LOAD/XAS<br />mv /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LOAD/XAS /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LOAD/XAS.OLD<br />mv xas /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LOAD/XAS<br />mv: rename xas to /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LOAD/XAS: No such file or directory<br />make: *** [install] Error 1<br />AipsWiz: Error: Failed to build the XAS program.<br />AipsWiz: Error: This means no AIPS TV will be available<br />AipsWiz: Error: until you correct the Makefile and do make<br />AipsWiz: Error: in area /XAS.<br />AipsWiz: ==> Press <ENTER> to acknowledge:: </pre>
This is probably related to the fact that /usr/X11R6/lib64 does not exist on my system. (I solved another X11 error by a symlink, so I tried symlink to /usr/X11R6/lib but seems it didn't help here.) Trying to ignore this (to run without graphics) I press enter to configure MNJ etc. I agree to start STEP2 and STEP4. it runs for some time (30 seconds or so), then I get on screen lots of output which seems OK until it ends with
<pre>LIBR : Create new /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LIBR/AIPSUB/SUBLIB<br />ar: no archive members specified<br />usage: ar -d [-TLsv] archive file ...<br /> ar -m [-TLsv] archive file ...<br /> ar -m [-abiTLsv] position archive file ...<br /> ar -p [-TLsv] archive [file ...]<br /> ar -q [-cTLsv] archive file ...<br /> ar -r [-cuTLsv] archive file ...<br /> ar -r [-abciuTLsv] position archive file ...<br /> ar -t [-TLsv] archive [file ...]<br /> ar -x [-ouTLsv] archive [file ...]<br />LIBR : Library /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LIBR/AIPSUB/SUBLIB.68106<br />LIBR : creation failed!<br />LIBR : Dies of unnatural causes: see /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/PREP<br />INSTEP2 : Failure in /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/LIBR/AIPSUB/SUBLIB<br />INSTEP2 : library creation.<br />INSTEP2 : Aborts! Thu Feb 7 22:29:22 GMT 2019<br />AipsWiz: Error: INSTEP2 failed, no point in proceeding.<br />AipsWiz: Error: Look in /Users/eskil/Applications/aips/31DEC19/LNX64/INSTALL to see<br />AipsWiz: Error: if you can figure out what went wrong. There are<br />AipsWiz: Error: many log and list files there. You may want to do<br />grep -v ^- *.LIS<br />AipsWiz: Error: to see what modules did not compile.<br />AipsWiz: Install Wizard stopping. Current settings saved in ~/.AIPSRC<br />AipsWiz: Abandoning ship! Goodbye.</pre>
Since there are now 2 errors, XAS and SUBLIB, I decided to ask if there was possibly gfortran binaries available somewhere already. But perhaps I was wrong in my assumptions above, perhaps I should not have guessed on LNX64? I'm grateful for any ideas on how to make it compile.<br /><br />Best regards,<br />Eskil
<br />
<HR style="margin-bottom: 6px; height: 1px; BORDER: none; color: #cfcfcf; background-color: #cfcfcf;" />
Staff CP:  <a href="https://help.nrao.edu/staff" target="_blank">https://help.nrao.edu/staff</a><br />
</font>